Il palazzo di San Tommaso risale con tutta probabilità al XV secolo: ce lo raccontano i suoi portali d’ingresso e gli archi ribassati, di stile catalano-durazzesco. Tuttavia, l’occupazione dell’area risale ad epoca senz’altro più antica, e questo è dimostrato dai reperti archeologici del piano terra. Qui sono presenti alcuni tratti di un muro in opus reticulatum (tecnica edilizia in uso dal I sec. a.C. al I sec. d.C.) a delimitare il grosso edificio romano prossimo ad una struttura termale con impianti di canalizzazione individuati al di sotto dei pavimenti in cocciopesto. I reperti recuperati testimoniano di un ambiente ricco e sontuoso: lembi di intonaci dipinti, frammenti di ampolle di vetro e ceramica fine, che datano la frequentazione della struttura dal I sec. a. C. al IV sec. d. C. Una mano di statua in marmo, di grandezza superiore al naturale, con un anello, attesta l’importanza dell’edificio, del quale non è tuttavia possibile intuire la destinazione ad uso pubblico o privato.